前身は、縁結びおよび郷土発展の神として信仰を集めた暘谷（ようこく）大神社である。暘谷大神社は松本城主松平康永と松姫の子の虎松（孫六郎永兼）を祀る社として知られていたが、寛政9年（1797年）に、今宮八幡宮（戸田氏の先祖戸田宗光）、片宮八幡宮（戸田氏以前の三河国田原領主一色義遠）を勧請して合祀、　天保2年（1831年）には更に共武大神社（松平康長）、淑慎大神社（松姫）と合祀し五社とし、1953年の若宮八幡宮（松本城の前身深志城の築城者島立貞永）との合祀を期に、名称を松本神社と改めた。